養豬設備消毒是將環境中的微生物盡可能殺死；清潔，是將環境中不該存在的微生物及其生長條件清理掉。對于動物生存的環境來說，其周圍存在一定的微生物是非常必要的，適量的微生物對于保持動物免疫系統的警覺狀態是非常有利的。而過度的消毒，一是大量的化學藥品進入環境，會造成更為嚴重的環境污染，這樣的污染對動物生存環境也造成極大破壞；二是環境中微生物因過度消毒而減少，使動物機體的免疫功能逐漸退化，反而會造成更大的問題，這是一種惡性循環。
消毒只有在發生洪澇、地震、疫情等災害，出現大量動植物尸體時才采用。因為這種時候如果不消毒，環境中有機物大量增加，微生物種類、數量不可控制地增加，對人和動物都是一個極大的威脅，甚至有可能會發生重大疫情。總而言之，在畜牧生產日常管理中，我們要強調清潔；在發生重大疫情威脅時，我們要強調消毒，在養豬生產過程中，清潔比消毒更重要，日常清潔，每天都要做。
